So genau kann ich dir das auch nicht sagen - es hängt wohl auch davon ab, was du dann mit der Brühe machen möchtest! Abfüllen und als Würze verwenden, bzw. Suppengrundlage? In dem Fall kannst du das Gemüse auf jeden Fall entsorgen. Denn du wirst ja dann später wieder frisches Gemüse hinzufügen, das nicht total ausgekocht ist und dann auch besser schmeckt.
Wenn du die Brühe, so wie sie ist, gleich verzehrst, kannst du das Gemüse auch mitessen, sind ja Faserstoffe die du durchaus brauchen kannst, auch wenn die Nährstoffe im Wasser sind.